跨学科研究中的论文查重挑战主要体现在整合不同学科领域知识的过程中。由于跨学科研究往往涉及多个学科领域的知识和方法，研究者需要在论文中合理引用相关领域的文献和研究成果。然而，这也为论文查重带来了挑战，因为不同学科领域的文献风格和引用规范可能存在差异，容易导致查重系统误判。同时，跨学科研究的创新性要求较高，如何在整合不同学科研究成果的同时确保论文的原创性也是研究者需要面对的挑战。

另外，跨学科研究中的论文查重还需要考虑到多学科之间的交叉影响。不同学科领域的研究成果可能相互关联，而查重系统往往难以准确识别这种交叉引用关系，容易将合理引用误判为抄袭。因此，研究者在撰写跨学科研究论文时，除了注意文献引用规范外，还需要注重对不同学科领域之间的关联和交叉影响进行合理解释和说明，以避免查重时出现问题。