论文查重软件的工作原理主要是通过将待检测的论文与已有的数据库或互联网上的文本进行比对，识别出相似度较高的部分。其核心算法包括词频统计、语法分析、语义分析等，通过这些手段来判断文本的相似度。一般来说，查重软件会给出一个相似度的百分比，高于一定阈值则认定为抄袭。

然而，论文查重软件也存在一定的局限性。首先，查重软件只能识别出已有文本中的相似部分，无法判断是否有意抄袭或改写。其次，对于改变了语法结构、词序的抄袭行为，查重软件也可能无法准确识别。此外，一些专业术语、公式等内容可能会被误判为抄袭。因此，在使用论文查重软件时，仍需要人工审查来做最终判断。